Az egyházkerület a reformáció századában alakult, az akkori baranyai püspökséggel volt azonos. Alsódunamellékinek is nevezték, amikor a Duna déli folyása mentén fekvő terület gyülekezeteit foglalta magába. (Megkülönböztetendő a felsődunamellékitől, amely utóbb a dunántúli egyházkerületbe olvadt be.) Felsőbaranyai, ráckevei, pataji és pesti néven is emlegették, a püspök szolgálati helyétől is függően. Első püspökének 1563-1572 között Szegedi Kis Istvánt tartják, akkor ráckevei lelkészt, aki szerkesztője volt a baranyai kánonoknak, melyeket átdolgozás után az 1576. évi hercegszőllősi zsinat egyházalkotmányként elfogadott. Nyolc egyházmegyéjéből már 1630 körül megvan a tolnai, vértesaljai, pesti, solti, kecskeméti és külsősomogyi (utóbbi a dunántúli egyházkerületből kiválva), ezekhez csatlakozott a z 1710-es években újra a két baranyai egyházmegye. Kisebb módosulások után a területet érintő nagy változást 1920-ban az alsóbaranya-bácsi-szlavóniai egyházmegye túlnyomó részének Jugoszláviához való csatolása, 1941-ben visszatérése jelentett, 1945-ben pedig az országhatárok újólagos megállapítása. Ezután 1952-ben a református egyház egyetemes konventje rögzítette az egyházkerület, ezen belül az egyházmegyék maival nagyjából megegyező határait és elnevezését. Az 1941-ben kiadott névtár szerint (ebben még - és már - nem szerepel az Alsóbaranyai egyházmegye) 282 anyaegyházközség tartozott az egyházkerülethez

Kezdetben, egészen az 1700-as évek végéig legnagyobbrészt maguk a püspökök maguk vezették a protocollumokat,:jegyezték be a zsinatok és más fontos tanácskozások határozatait, egyéb adatokat, eseményeket, leveleket. Dunamelléken a 18. század végéig jóformán csak a jegyzőkönyvek maradtak meg az egyházkerület irataiból, egyéb egyházigazgatási irat meglehetősen csekély számban került a levéltárba.. Az egyházkerületi közgyűlés maihoz hasonló formája az 1791. évi budai zsinatot követő évszázadban kezdett kiformálódni, s az 1881. évi alkotmányozó zsinat után szilárdult meg, az egész magyarországi református egyházra nézve hatályos egységes szerkezetben. E szerint a közgyűlés nyilvános ugyan, de valójában küldöttgyűlés, mert az egyházközségek és egyéb intézmények vezetői nem teljes számban tagjai, jóllehet elvileg valamennyien részt vehetnek rajta. Elnöke a püspök és a főgondnok, tagjai az egyházkerület választott tisztségviselői - paritásos alapon: lelkésziek és "világiak" egyenlő számban -, a presbitériumok által választott egyházkerületi tanácsbírák (korábban: assessorok) az egyházmegyék (korábban: tractus vagy egyházvidék) esperesei és gondnokai, az egyházmegyék lelkészi és világi képviselői, akiket az egyházmegyei közgyűlés választ a lélekszám szerint megállapított számban, valamint az intézmények választott képviselői.. A közgyűlések közötti időben tanácsülés intézi a sürgősebb ügyeket, a közgyűlés utólagos jóváhagyásával. A tanácsülést korábban:partiale consistoriumnak nevezték, generale consistoriumnak pedig magát a közgyűlést. A "kisgyűlések", valamint a pénzügyi és egyéb, az egyházkerület által felhatalmazott állandó vagy eseti bizottságok jegyzőkönyvei és határozatai is általában bekerültek a közgyűlési jegyzőkönyvekbe. Amikor az államhatalom nem engedélyezte a gyűléstartást, akkor eleve csak kisebb, alkalmi értekezleteket tudtak összehívni, némelykor pedig - a pátens idején 1850-1860 között - a superintendensi napló pótolja a jegyzőkönyvet.

1626-1780 közötti időszakra ld. Földváry László: Adalékok a Dunamelléki Ev. Ref. Egyházkerület történetéhez.. I-II.. Bp. 1898. A jegyzőkönyveket részletesen feldolgozza, bőségesen idézi, névmutatót ad hozzá.

Protocollum Simandinum, 317 p, magyar-latin nyelvű.

Segédlet: a jegyzőkönyv szövegének gépelt átírása, kéziratos betűrendes hely- és névmutató, mágneslemezen 1127 tétel.

Matricula sanctae coronae ecclesiarum Helveticae confessioni addictorum in comitatibus Pest, Pilis, Solt, Tolna, Székesfehérvár, Baranya et Somogy existentium, 863 p, latin nyelvű, magyar részekkel.

Segédlet: a kötet végén betűrendes tárgymutató az előfordulás lapszámának feltüntetésével, ennek átírása jelentősen kiegészítve mágneslemezen 723 (178) tétel.

Protocollum venerabilis superintendentiae Cis et Ultra Danubianae reformatae, 917 p latin nyelvű, magyar részekkel.

Segédlet: betűrendes tárgymutató a kötet végén, átírása jelentősen kiegészítve 1770-ig, mágneslemezen 570 tétel.

Protocollum venerabilis superintendentiae Cis et Ultra Danubianae, 931 p, latin-magyar.

Segédlet: a kötethez utólagosan készített betűrendes tartalmi mutató, mágneslemezen 475 tétel.

Volumen protocolli venerabilis superintendentiae Cis Danubianae, 923 p, latin-magyar. Segédlet: a kötet végéről az indexet átírta a latin kifejezések fordításával Balázs László 1991-ben, 468 tétel,

Volumen protocolli venerabilis superintendentiae Cis Danubianae... 923p. Benne Provocatumok protocolluma 637.p-től 1802-1808, 855p, magyar, régi lapszám szerint 1-22p hiányzik

Segédlet: tartalomjegyzék és tárgymutató, mágneslemezen. cca 2500 tétel.

A dunáninneni helvéciai vallástételt követő egyházkerület jegyzőkönyve, 775 p magyar nyelven.

Segédlet: jegyzőkönyvi pontonként tartalommutató, mágneslemezen cca 1500 tétel.

Nyomtatott jegyzőkönyvek, köztük néhány kéziratos, főként a superintendensi naplók..

Segédlet: részletes tartalomjegyzék, a nyomtatottakhoz laponként és jegyzőkönyvi pontonként haladva tartalommutató, mágneslemezen 2000 tétel.

Az 1843-1887 közötti jegyzőkönyvekhez Betűsoros tárgymutató a dunamelléki ev. ref. egyházkerület jegyzőkönyveihez az 1843-ik évtől kezdve. Bp. 1888. 447 p. Összeállította Szász János dabi lelkész.

1842-1943 között a jegyzőkönyvek nyomtatásban is megjelentek, ezek a levéltár kézikönyvtárában .megtalálhatók. Kéziratos, később írógéppel készült eredeti példányaikat is őrzi a levéltár. 1863-tól a nyomtatott kötetekben gyűlésenként a jegyzőkönyvi pontok szerint haladó és/vagy betűrendes tárgymutató található. Ezek kigyűjtése és digitalizálása folyamatban van.

1944-1996 közötti évekből a jegyzőkönyvek másodpéldányai vannak meg gépelt formában. Az eredetiek a püspöki hivatal őrizetében vannak. 1913-ban rendeli el az egyházkerület a jegyzőkönyvek eredeti kéziratainak levéltárba adását. Ez a gyakorlat 1944-ben megszakadt

1944-1948 közötti jegyzőkönyvek teljes szövege, valamint a gyűlések tárgysorozatai 1944-1949-ig OTKA támogatással számítógépre került 1995-97-ben. (OTKA .nyilvántartási szám: T 18588.)

Az 1990-es évektől a közgyűlésekről a püspöki hivatal hangfelvételt is készít. A jegyzőkönyvek ugyanis nem szószerintiek, a hitelesítés a tárgyalt ügy előadója által történik jegyzőkönyvi pontonként. Hozzászólásokat a jegyzőkönyvek nem tartalmaznak, s a határozatok is csak részlegesen és kivonatolva jelennek meg írott formában.

A közgyűlésekre előkészített ügyiratok, jegyzőkönyvekkel, jegyzőkönyvi fogalmazványokkal vegyesen.. Az iratokat az iktatott igazgatási iratok közül emelték ki, elrendezésük a tárgyalás sorrendjében történt. Az iratokhoz külön segédkönyv nincs, a közgyűlések kéziratos és nyomtatott jegyzőkönyvi számai alapján kereshetők. Az alábbi évekből vannak meg: 1858, 1860-1886, 1891-1892, 1894-1898, 1901-1926, (egyes évek nagyon hiányosak), 1942.

Régi vegyes, más nyilvántartásba nem illő egyházkormányzati iratok, többségükben a Külsösomogyi, részben a Tolnai egyházmegye területére vonatkozó egyedi ügyek.

Lajstromozva, rövid tartalmi leírással:130 db

Az egyházkerület elnöksége, főként a püspök és a püspöki hivatal által intézett ügyek iratai, az egyházi élet valamennyi területére vonatkozóan. Segédlelkészek kinevezésétől, államsegélyügyeken, egyházközségek, egyházmegyék és egyének hivatalból, törvényben és / vagy szabályrendeletben meghatározott kötelezettség alapján, valamint egyéb egyedi okból és célból felterjesztett ügyek intézése folytán keletkezett levelek, iratok. Az egyházkerület irattárának legnagyobb terjedelmű irategysége. 1884-ig évente 1-200 irat, később 2000-5-6000 irat.

Az 1748-1839 közötti iratokat 1839-ben utólagosan rendezték, később 1849-ig kiegészítették. 21 tárgyi csoportba sorolták az ABC betűivel megjelölve. Az iratok nagyjából évrendben e csoportok valamelyikébe kerültek. E mesterségesen kialakított csoportokhoz kéziratos elenchus készült, amely az ügyirat sorszámán és keltezésén kívül rövid tartalmi kivonatot is ad. Az 1850-1859-es iratokat az 1860-as években hasonlóképpen rendezték, az előzőtől némileg különböző 24 tárgyi csoportba, azokon belül nagyjából időrendben. Ehhez is kéziratos elenchus készült az ABC betűi szerint csoportonként, de csak egészen általános tartalmi megjelöléssel, a pontos keltezést pedig mellőzi. 1860-tól 1884-ig a csoportosítás: 1. Helytartótanácsi (1867 után miniszteri) leiratok, 2. Káplánok ügyei, 3. Egyéb iratok, 4. Elenchusból kimaradt iratok. Az ehhez készült mutatókönyv az iratokat évenként, a lerakás sorrendjében ismerteti, de csak sommásan, a rokon tartalmúakat összefogva, pl.:"esperesi jelentések 14 db" Az iktatás 1884. november 1-től keződik. Az iktatókönyveket 1884-1927 között kétévenként, azután évenként, az indexeket (tárgymutatókat) 1884-1914 között és 1945-46-ban kétévenként készítették el, 1915-22-ig egy kötetben vannak, a többiek évenként Az 1904-1906 közötti index hiányzik, az 1955. évi leltárba már nem került bele. Évente néhány irat kimaradt az elenchusból vagy iktatásból, ezek általában egy-egy év végén találhatók, a részletes raktári jegyzékben általában feltüntettük. Kutatáskor egyenként át kell nézni.

A püspökök hivatali ideje alatt keletkezett saját kezelésű iratokat a püspöki hivatal egyházigazgatási irataitól elkülönülő iratcsoportba sorolták, melyet Elnöki iratok címen Ravasz László püspökségétől kezdve tartunk nyilván külön levéltári állagként. Elnöki iktatót 1923. dec.5-től, mutatókat 1924-től vezettek. A kétféle iktatást két külön személy végzi: az elnökségi titkár és a püspöki tanácsos. Gyakran előfordul, hogy egy irat mindkét helyen szerepel: először a hivatalban iktatták, majd a püspök személyes kezelésébe került. Az elnöki iratokat eleinte 4 fő csoportba osztották: I. Meghívók, üdvözlések, II. Kérések, III. Bizalmas, IV. Külföldi levelek, majd további csoportokat képeztek: Konventi belmissziói bizottság iratai, Tudományos Akadémia levelei, Magyar Protestáns Irodalmi Társaság, Holland-magyar iskola, Bethesda és Lórántffy kórház hollandiai ügyei, Kuyper Katalin levelei, püspöki iratok, Erdélyi ügyek és mások. Az iratcsomók borítóján található az iratok felsorolása. 1924-ig az iratok e csoportok valamelyikében találhatók, 1924-től lehet iktatószám szerint keresni. Évente néhány irat kimaradt az iktatásból, ezeket az adott év iktatott iratai után egyenként kell átnézni.

Az egyházkerületi bíróság a közgyűlések alkalmával, a közgyűlések közt időszaki tanácsban, vagy az elnökség által esetileg behívott tanácsban ül össze. Elnöke a püspök és a főgondnok, tagjai az esperesek és az egyházmegyei gondnokok, valamint a választott egyházkerületi tanácsbírák. Elsőfokon csak az egyházkerület saját tisztságviselői ügyében hoz ítéletet, egyébként az egyházmegyei bíróságokon megfellebbezett ügyekben másodfokú hatóságként jár el. Az így keletkezett iratok eleinte a törvényszéki jegyzőkönyvek mellékleteit képezték, 1861-től nagyjából a századfordulóig ezek számaihoz igazodtak. Kivétel néhány évekig húzódó ügy, ezek tárgy szerint vannak megjelölve. A közgyűlési jegyzőkönyvekben találhatók a törvényszéki, vagyonügyi, bírósági jegyzőkönyvek is. A jegyzőkönyvek 1943-ig nyomtatásban megjelentek, ezek mutatóiban lehet az ügyeket kikeresni. 1909-től külön iktatták a bírósági iratokat, 1921-től a levéltári rend is többnyire ezt követi.

Díjlevelek, adatgyűjtó ívek, törzslapok, kimutatások lelkészekről, segédlelkészek elhelyezéséről, más egyházi alkalmazottakról.

Vegyes, részben mesterségesen létrehozott irategyüttes, mely csak részlegesen tartalmazza az egyházkerület iskolákra, tanulmányi ügyekre vonatkozó aktáit. Ilyen tárgyú kutatás esetén meg kell nézni az egyházigazgatási iratokat és a teológia iratait is. (A/1b, A/13. jelzet) 150 tételes részletes csomójegyzéák alapján kutatható, melyben az egyes iskolák általában külön említtetnek.

A főjegyző az egyházkerület lelkészi elnöke után az egyházkerület második legfőbb tisztségviselője, informálisan püspökhelyettesnek is nevezik. A református egyházalkotmány paritás elve szerint van lelkészi és világi főjegyző. A levéltárban a lelkészi főjegyző iratai találhatók.

Egyes egyházközségekre vonatkozó adatok egységes szempontok alapján, egyházmegyénként csoportosítva. A korábbi vizitációk adatait az egyházkerület közgyűlési jegyzőkönyvei tartalmazzák.

Nem iktatott, vagy egyelőre máshová nem sorolt iratok.

... és további besorolás alatt álló iratok

Püspöki vizitációk és egyéb események alkalmából készült fényképalbumok, egyedi fotók.